Все ниндзя в скрытой деревне имеют свой собственный уровень навыков с помощью которых они определяют свой разряд ниндзя, каким они являются. Самый талантливый ниндзя деревни - это Каге, который руководит деревней. Cамый низкий ранг составляется из молодых людей, обучающихся в академии ниндзя. В списке приведенным ниже ранги от самого низкого уровня ниндзя к высшему. Например, группы, такие как АНБУ не имеют уровень, но эта специализирующаяся единица преимущественно сделана из ниндзя уровня чунин и джонин.

Ученики Академии
Академия — это место, где собираются потенциальные шиноби, которых фактически не считают ниндзя, пока те не выпустятся из школы. Ученики академии выдерживают теоретические и практические тесты всех типов, где изучаются основные навыки ниндзя: военное искусство, джуцу, физическая выносливость и стиль жизни шиноби. Обычно им преподаётся использование основного оружия, такого как кунаи и сюрикены. Также преподаются различные элементарные техники, меняющиеся от деревни к деревне. Конечный экзамен академии меняется от школы к школе, в Селении Листвы он состоит из своего рода письменного теста и демонстрации фундаментальных техник. Единственным учеником, неспособным использовать чакру, когда-либо учившимся в Академии, был Рок Ли. После получения диплома выпускники получают налобную повязку («хитай-атэ») с металлической пластинкой, на которой изображен символ их селения. Некоторые, впрочем, носят её не на лбу, а, например, на руке или поясе. Кроме того, некоторые селения применяют дополнительный выпускной экзамен, который устраивает каждый сенсей-джонин своей команде из трёх учеников, чтобы проверить, действительно ли они готовы стать настоящими ниндзя и работать в команде. Таким образом, гарантируется, что только поистине квалифицированные ниндзя получают звание генина. Эти экзамены разнятся в зависимости от учителя, который их проводит.

Генин («низший ниндзя») — самое низкое звание ниндзя. На этом уровне присутствует наибольшее неравенство силы между входящими в него ниндзя. Генин входит в группу из четырёх человек, состоящую из трёх учеников и учителя-джонина, с целью набора опыта и повышения собственных навыков. Формирование группы базируется на индивидуальных качествах ниндзя так, чтобы уравновесить силы разных команд. При достижении данного звания ниндзя начинает вносить свою лепту в экономику родного селения, получая за выполнение заданий небольшую плату. Генины обычно посылаются на миссии сложности D, которые являются самыми простыми и почти всегда подразумевают задания, лишённые риска, основанные на ручной работе; или же, очень редко, на миссии сложности C, которые слегка напоминают действительную «работу ниндзя» и имеют очень низкий риск для исполнителей.

Чунин («средний ниндзя») — в его обязанности входит руководство и наблюдение за небольшими группами других ниндзя. Шиноби этого разряда достигли уровня зрелости, которая, прежде всего, состоит из навыков лидерства и тактического мастерства. Некоторые из них, например, Ирука Умино, исполняют функции преподавателя; а другие, такие как Нара Шикамару, служат руководителями групп, отвечая за небольшие команды. Они должны с максимальной эффективностью принимать решения и использовать навыки ниндзя, находящихся под их командованием. После достижения уровня тчунина шиноби может носить опознавательный боевой жилет, в котором хранятся нинджуцу-свитки. Чунина обычно посылают на миссии сложности C или B.
Чтобы достигнуть уровня чунина, генин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене ("Экзамене на звание чунина"), который проходит дважды в год из-за растущего числа шиноби в деревнях. В прошлом каждая деревня проводила свой собственный экзамен, но после Третьей Мировой Войны Ниндзя союзнические страны согласовались проводить его лишь в одном избранном селении, таким образом улучшая и укрепляя свои отношения. Другое преимущество состоит в том, что ниндзя, принимающий участие в этом мероприятии, привлекает клиентов, которые могут заинтересоваться его наёмом. Экзамен на звание чунина — это испытание не только силы, но и способностей собирать информацию, выживать в трудных условиях и соблюдать руководящие указания. Тех, кто имеет все эти качества, распределяют по парам для проведения турнирных поединков, за которыми наблюдают судьи, принимающие решение кого продвинуть в звании, а кто этого не заслуживает. Победитель дуэли имеет право перейти к следующему сражению, но главную роль при вынесении решения жюри играет не победа, а действия шиноби во время поединков. Таким образом, любой, кто доходит к третьей стадии Экзамена, даже принявший участие всего в одном поединке, имеет шанс стать чунином, даже если он фактически проиграл бой (например, Нара Шикамару). При этом победа в финале не гарантирует присвоения степени чунина.

Джонин («высший ниндзя») — чаще всего это высококвалифицированный ниндзя со значительными индивидуальными навыками, который исполняет функции военного капитана. Их часто посылают на миссии уровня А, а более опытным джонинам могут даже доверить миссии уровня S (наивысшей сложности), которые они могут доводить до конца в одиночку. Иногда джонину вверяют команду из трёх генинов для их более углублённого обучения. В «Naruto Anime Profiles» упоминается, что данное звание можно получить, сдав определённый экзамен. Большинство ниндзя этого уровня в состоянии использовать минимум два типа стихий, разные техники гендзюцу и владеть тайдзюцу.
Токубэцу Джонин («особый высший ниндзя», иногда сокращается до токуджо) — ими являются ниндзя с уровнем и способностями джонина, но которых подготавливают лишь в одной определённой отрасли военной науки. Это элитные специалисты, находящиеся в группах под командованием обычного джонина или возглавляющие отряды, которым вверяют задания одного, характерного рода. Один из примеров токуджо — это Ибики (эксперт в допросах) и Эбису (опытный учитель).

Каге

Те, кто получили звание каге («тень»), становятся главой одного из пяти сильнейших Скрытых Селений мира Наруто — это элита Селений, опытнейшие шиноби, чья сила колоссальна, а мудрость не имеет границ. Несмотря на это, со временем они могут частично потерять свою былую мощь и быть превзойдены другими, более молодыми ниндзя. Положение каге находится наравне с правителем его страны, основными задачами которого являются надзор за деятельностью своих деревень и лидерство над обществом-ниндзя. Каге может уйти и оставить свой титул кому-нибудь другому, в противном случае ниндзя остаётся на этой должности до конца своих дней. Это создает ситуацию, когда в один и тот же отрезок времени имеются два каге, из которых фактически лишь один исполняет обязанности правителя. Со временем появилась тенденция присуждать титул людям, которые имеют родственные связи или те, кто был учеником/учителем предыдущих каге. В аниме введён шестой кагэ из Страны Медведей, селения Скрытой Звезды — Хошикаге («Тень звезды»). Однако, этим титулом шиноби наделил себя сам и признают это лишь его соотечественники. Большинство каге - это ниндзя уровня S.

Титулы пятерых Каге изменяются в зависимости от Селения, к которому они относятся:
• Хокаге (Тень Огня): глава Селения, Скрытого в Листве.
• Мизукаге (Тень Воды): глава Селения, Скрытого в Тумане.
• Цучикаге (Тень Земли): глава Селения, Скрытого в Скалах.
• Райкаге (Тень Молнии): глава Селения, Скрытого в Облаках.
• Казекаге (Тень Ветра): глава Селения, Скрытого в Песке.

Саннины
Ниндзя уровня S намного сильнее обыкновенного Джонина. S-уровень не относится к обычным званиям, официально таких ниндзя называют джонинами, они могут относиться даже к ещё более низким званиям или же вообще не иметь никакого. Преданность шиноби этого ранга заключается в том, чтобы быть частью собственного селения и проявлять к нему лояльность, даже не живя в нём. Часто ниндзя этого уровня решают покинуть своё селение, пускаясь на поиск своих амбиций, и становятся ниндзя-предателями. Также ниндзя этого класса часто фигурируют в книге «Бинго», списке врагов для убийства, который имеет каждая деревня для использования джонинами и членами команды АНБУ. Большинство шиноби, даже высшего уровня, избегают прямого столкновения с ниндзя уровня S. Ниндзя этого уровня значительно выделяются среди других и часто имеют прозвища, которые им дали их друзья или враги.

АНБУ

Команда Особого Назначения АНБУ (дословно «тёмная сторона», аббревиатура от Ансацу Сенджуцу Токусю Бутай, «Особая команда по тактике убийств») — спецназ, находящийся под прямым контролем каге. Члены AНБУ носят фарфоровые маски, имеющие форму животных, для того, чтобы выделяться среди других шиноби и оставаться неузнанными. Также они имеют стандартную униформу, состоящую из черной и серой брони, защитных пластинок для рук и татуировки в виде спирали на левом плече, кроме того, они носят с собой ниндзя-то (меч ниндзя), который обычно прикрепляется к спине. Некоторые из них на стандартные униформы надевают чёрные плащи с капюшонами, в то время как лидер команды может носить плащ белого цвета. Все члены АНБУ прекрасно разбираются в анатомии человеческого тела, на основе чего были придуманны различные мощные техники, например джуцу, парализующее противника. Одно из возможных её подразделений — это Ниндзя преследователи (ойнин), основная задача которого состоит прежде всего в поимке ниндзя-предателей, а затем в полном уничтожении их тел, таким образом избегая утечки в другие селения важной информации о типе чакры и различных анатомических признаках.

Похожие организации
Коноха имеет две организации, похожие на АНБУ, но не являющиеся его подразделениями. Военная Полиция Листвы (Коноха Кейму Бутай), или просто Военная Полиция является уникальной организацией в Селении Листвы, хотя и другие деревни могут иметь подобные системы. Символ Военной Полиции — герб основавшего её клана Учиха на фоне сюрикена. Когда-то она в основном состояла из членов именно этого клана, однако в настоящий момент никого из них уже нет в живых. Данная организация занимается соблюдением законов в Селении, и имеет практически неограниченную юрисдикцию. Тем не менее, она не может вмешиваться в области, которые находятся под прямым контролем Хокаге. Также они уважают следственную систему и внутреннюю дисциплину организации АНБУ.

Нидзю-сётай (нидзю:сё:тай, Отряд двадцати) — это оперативная группа, созданная Цунаде, Пятой Хокаге. Эта воинская часть была создана для розыска, захвата и, в случае необходимости, устранения членов организации Акацуки на территории Страны Огня. Нидзю-сётай состоит из 20-ти команд, каждая из которых насчитывает четырёх членов .
АНБУ Селения Листвы обычно подчиняется прямым командам Хокаге, но за несколько лет до первых событий истории «Naruto», существовал Департамент подготовки АНБУ известный как Корень (нэ). Организация была основана и непосредственно возглавлена Данзо, который усиленно обучал и конденсировал мировоззрение детей. Корень способствует полному устранению эмоций, чтобы дать возможность своим членам доводить до конца миссии, не сдерживая себя. Эта организация имеет тенденцию следовать и дальше своим убеждениям: шиноби, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должен показывать никаких чувств (из упоминаний Сая о правилах после того, как у него был найден подарок его «брата»). Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Академии Селения Кровавого Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами-друзьями. С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокаге, Корень был расформирован. Несмотря на это, многие ниндзя остались преданны организации. Даже если организация показывает нам, что имеет хорошие намерениям, Цунаде и Джирайя относятся к ней с подозрением.

Ниндзя-медики
Ниндзя-медики (ирё:нин) специализируются в лечении, главным образом используя для этого медицинские джуцу. Должность врача-ниндзя требует большого уровня знаний и превосходного контроля над чакрой, так как она используется при лечении различных повреждений. Кроме медицинского обучения они, для избежания вражеских атак, уделяют особое внимание изучению боевых навыков, состоящих главным образом из техник тайджуцу и некоторых медицинских джуцу. Главной причиной этому является то, что смерть санитара-ниндзя может привести к смерти всей команды. Обычно медики посылаются наряду с группой в опасные миссии, тем самым увеличивая процент выживания той команды.

Для наиболее серьезных повреждений ниндзя-медик выполняет Живительную технику реанимации (Чикацу сайсэй но джуцу), которая использует частицы тела пострадавшего для регенерации клеток зоны повреждения. Джуцу требует большого количества времени и концентрации, поэтому врачебный персонал, чтобы отдохнуть, периодически сменяется.

Иногда врачебное джуцу может применяться и как оружие. Например, Кабуто Якуши таким образом превращал поток сконцентрированной чакры в скальпель, которым разрывал мышцы и артерии. Помимо него в аниме присутствуют другие ниндзя-медики - в первую очередь Цунаде, а также её ученицы: Шизуне, Сакура Харуно и Ино Яманака.

Ниндзя-предатели
Ниндзя-предатели (нукенин, «беглый ниндзя») — это те, кто покинул свою собственную деревню. За ними постоянно ведётся слежка из-за секретов, которые они хранят. Другие Скрытые Селения интересуются покупкой такой информации, потому, что это могло бы быть полезно для одержания победы в сражении или для заполучения уникального врождённого навыка определённого клана. Селения создают специальные подразделения Ниндзя-преследователей для предотвращения подобного развития событий, хотя маловероятно, что на каждого ниндзя-предателя имеется посланная за ним команда.